IVO:s hantering av enskilda klagomålsärenden har också förändrats. Först i andra hand, efter det att vårdgivaren har fått möjlighet att hantera klagomålet, är det IVO som ska komma in och handlägga ett sådant ärende. IVO:s roll har förändrats genom att myndighetens utredningsskyldighet har begränsats till att i huvudsak utreda ärenden där patienten, i samband med hälso- och sjukvård, har fått en sjukdom eller skada som är bestående och inte ringa, eller har lett till ett väsentligt ökat vårdbehov eller till att patienten har avlidit. Dessutom ska IVO utreda händelser i samband med hälso- och sjukvård som allvarligt och på ett negativt sätt påverkat eller hotat patientens självbestämmande, integritet eller rättsliga ställning. Integritetsfrågan kan vara aktuell om patienten har blivit fastspänd, medan patientens rättsliga ställning kan bli aktuell i samband med intygsgivning.
Syftet är att IVO genom den förändringen ska kunna lägga mer resurser på övrig verksamhet, såsom den egeninitierade tillsynsverksamheten. Skulle en patient ha börjat med att framföra klagomål till IVO och vårdgivaren därmed inte fått möjlighet att hantera klagomålet, ska IVO normalt lämna det vidare till vårdgivaren. Det finns dock inget formellt hinder mot att IVO på eget initiativ fattar beslut om att ärendet ska hanteras av myndigheten istället.